Unidades cronológicas:
- La mar en la génesis de España. Siglos XIII al XV
- La era de los descubrimientos. Siglos XV y XVI
- Donde nunca se pone el sol. Siglos XVI y XVII
- La creación de la Real Armada. Siglo XVIII
- El fin de un imperio. Siglo XIX
- La recuperación de la Armada. Siglos XX y XXI
Espacios monográficos
- Bienvenida al Museo Naval
- La edad de oro de la construcción naval en España. Siglo XVIII
- La defensa de las rutas marítimas comerciales. Siglos XVI y XVII
- La construcción naval en la era del vapor. 1833-1931
- La vuelta a los mares del mundo
Recorridos temáticos
El segundo nivel, supone una novedad en el discurso del Museo y está compuesto por siete itinerarios transversales que pretenden facilitar la comprensión de la evolución de ciertas facetas a lo largo del recorrido histórico y, con ello, mejorar la lectura de las colecciones.
- Ocho siglos de historia propone un recorrido por los principales episodios de la historia naval española.
- Marinos ilustres se detiene en la figura de los marinos más destacados de cada época.
- Construcción naval analiza la evolución de las formas y técnicas constructivas.
- Del arte de marear a la ciencia de navegar plantea un recorrido por los avances científicos que propiciaron el conocimiento de los mares y el desarrollo de la navegación.
- Armamento naval pone el foco en la evolución del armamento a lo largo de las distintas épocas.
- La evolución de la Armada recorre los momentos más destacados de la historia de la Armada como institución.
- Intercambios culturales pone en relación las colecciones reunidas por la Armada procedentes de los contactos con otras culturas.